尸魂界（ソウル・ソサエティ）での激闘を終え、現世に戻ってきた一護たち。 ルキアは尸魂界に残り、霊力の回復に努めることとなったが、その間の空座町（からくらちょう）の死神代行として一護が正式に任命された。 死神稼業以外は平穏な生活を送れるかと思ったのもつかの間、平子真子と名乗る謎の転校生が、斬魄刀（ざんぱくとう）と仮面を携え一護に迫る。

一方で以前退けたはずのグランドフィッシャーが再び空座町を襲い掛かる。空座町を包む混沌。 その要因は藍染であると浦原は踏み、“破面（アランカル）”と呼ばれる勢力を従え、ある企みを遂行すると予測した。…つかの間、その“破面”が空座町に侵攻を試みたのであった。

圧倒的な破面の力の前に、一護は力の差を思い知らされる。仲間を護りきれなかったことに対する葛藤。 だが、空座町の危機を護廷十三隊が黙って見ているはずもなく、十番隊隊長・日番谷を筆頭として先遣隊を派遣する。その中には霊力を取り戻したルキアの姿もあった。彼らから藍染の目的を知らされた一護であったが、破面の急襲に遭いまたしても苦戦を強いられる結果となった。

藍染の真の目的は、“王鍵（おうけん）”と呼ばれる王族の住まう空間への鍵の創生にあった。王族に接触、殲滅せんとする藍染に対抗するために尸魂界は総力を結集することを決断。 だが、一護は待機を命じられ、自らの内なる自我との対峙に挑むこととなった。

平子率いる“仮面の軍勢（ヴァイザード）”との修行を経て、内なる虚（ホロウ）をおさえこんだ一護は、虚化を会得する。その間、尸魂界では藍染の侵攻を冬、と予測していた。しかし、実際は織姫が藍染によって連れ去られてしまう。事態を重く見た一護は、虚圏（ウェコムンド）と呼ばれる破面たちの居住区域に潜入することを決意する。

虚圏で待ち受けていたのは、十刃と呼ばれる精鋭の破面達であった。現世でもまみえたグリムジョーやウルキオラ、ノイトラといった強敵と一護は刃を交えていくのであった。他方では、一護達の虚圏潜入を察知していた恋次やルキア、現世から一護に同行した石田や茶渡なども破面に苦戦を強いられていた…。

時は遡り、100年前。尸魂界では魂魄（こんぱく）が相次いで消失するという事件が起きていた。その事件の調査に当たった六車拳西率いる九番隊も事件に巻き込まれる。事態を重く見た尸魂界は急遽総力を結集しての調査に乗り出す。

裏で糸を引いていたのは当時副隊長であった、若き藍染であった。藍染の不穏な動きに気づいていたはずの当時の五番隊隊長平子真子は、藍染の謀略にかかり、実験台とされてしまう。藍染の実験台となった平子達を救おうと隊長に推挙されたばかりの浦原が現場に急行するも、叶わず。逆に大逆の罪を着せられ、尸魂界追放の処分となる。こうして、全ての過去がつながっていく―――。

藍染が空座町へ侵攻を開始することを決断したと同時に、尸魂界からの密命を受けていた浦原は、空座町で護廷十三隊を展開可能にするために、空座町のレプリカを作り上げていた。永き因縁、避けられぬ事態。遂に、藍染たちと護廷十三隊との全面対決の火蓋が切って落とされるのであった。

護廷十三隊は、十刃の従属官に苦戦し、総隊長の出動を仰ぐこととなった。しかし、従属官を退けた後も苦戦は続く。一方、虚圏ではウルキオラと対峙する一護の姿があった。十刃で唯一という二段階の解放が可能なウルキオラに圧倒され、絶体絶命かと思われたその時、未だ見たこともない姿に変貌を遂げる。織姫の、石田の声も届かず、正に本能のままに、虚のような姿で暴虐の如き強さを見せ、ウルキオラを退けたのであった…。

空座町では平子たち“仮面の軍勢”の加勢によって十刃を撃破したかと思われたが、その奥に控えていた藍染直属の部下、市丸ギン、東仙要によって再び壊滅状態に陥る。虚圏から駆けつけた一護、そして一護の父でもある一心、浦原も加わり、闘いは終極へと動いていくのであった…。