ルキアが尸魂界（ソウル・ソサエティ）と呼ばれる世界から現世に来たのは、虚（ホロウ）と呼ばれる悪霊を魂葬する任務のため。自分の死神の力を一護に譲渡してしまったルキアは、一護に死神としての仕事を“代行”してもらうこととなった。

一護のクラスメートである井上織姫、茶渡泰虎らを襲った虚退治などをこなすうち、死神としての任務をこなせるようになってきた一護。一方で、ルキアは死神としての力の回復を待つため、現世に留まり、一護と同じ空座（からくら）第一高校に生徒として通う。

そんな折、自らを滅却師（クインシー）と名乗り、一護と同じく虚を倒す力を持つクラスメート、
石田雨竜との争いや、亡き母の仇であるグランドフィッシャーとの戦いを経て、物語は新たな事態に襲われる―――